Ich habe den Thread mal kurz überflogen.
Wollte mir ursprünglich ja auch mal einen Ateca holen, bin dann aber letztlich bei einem Skoda Karoq 1.5 TSI OPF als Handschalter gelandet, weil der Ateca zu dieser Zeit (Oktober 2018) noch nicht wirklich als 1.5er vorkonfiguriert zu haben war und ich ein super Angebot für einen neuen Karoq in der Style-Ausstattung mit 5 Jahren Garantie ab Werk gefunden hatte.
Ich hatte bzw. habe auch die Probleme mit dem Motor.
1. Fehlende Gasannahme beim Anfahren
Das war echt übel und auch wirklich gefährlich. Fahre seit über 20 Jahren Handschalter und KANN DEFINITIV super schalten, aber der Motor ist mir immer wieder abgestorben (egal ob mit kalten oder warmen Motor). Vor ca. 3-4 Wochen war ich in der Skoda-Werkstatt und sie haben mir ein Update eingespielt. Seitdem ist die Gasannahme beim Anfahren tadellos und das Problem ist nicht wieder aufgetreten! 
2. Ruckeln bei Kaltstart
Der Wagen hüpft bei kaltem Motor auf den ersten paar hundert Metern oftmals wie ein Känguru. Danach läuft er "OK", ruckelt aber öfter mal die ersten 5-10 Minuten beim gleichmäßigen Beschleunigen zwischen 30 und 80 km/h. Sobald der Motor richtig warm ist, beschleunigt der Wagen ganz normal, wie es sein soll. Dafür gibt es anscheinend noch kein Update.