Also mich würde das wundern. Es ist ja nur ein Lautsprecher, der noch dazu weit weg von den anderen sitzt. Wenn man bei zwei Stereolautsprechern einen verpolt, dann löschen sich die Signale aus, aber nicht bei einer Bassbox - da wäre die Phase nur 180° verschoben.
Es sind aber tatsächlich vier Anschlüsse, weil die Spulen wohl doppelt ausgelegt sind. Nur ist die Kodierung der Kabelschuhe die selbe wie beim Original und man bekommt die kleinen und großen eigentlich nicht vertauscht, weil man die kleinen Schuhe nicht auf große Stecker bekommt. Ein Problem könnte nur auftreten, wenn Du "über Kreuz" gesteckt hättest - aber dazu sind die Adern eigentlich zu kurz.
Ich frage mich allerdings, was Du erwartest. Der Bass ist knackiger und die Systeme sind stärker belastbar, außerdem ist der Wirkungsgrad etwas höher als beim Original - beides sind aber 16cm Subs, da sind beim Tiefbass einfach physikalische Grenzen gesetzt.