Aktuell kann ich mir das Problem nur aufgrund der Fotos hier vorstellen, da ich meinen Ateca noch nicht habe.
Für mich liegt die Ursache darin begründet, dass der Schmutz und vor allem das Regenwasser aus dem Profil der Reifen mit relativ hoher Geschwindigkeit bzw. Druck permanent in diese Schnittstelle gelangt, weil diese ein Teil vom Radkasten ist. Der Gummi an dieser Stelle sorgt zwar dafür, dass nichts in den Innenraum gelangt. Diese Art der Lösung finde ich persönlich auch suboptimal. Abhilfe würde nach meinem Verständnis nur Möglich sein, wenn diese Schnittstelle/Übergang Tür/Radkasten abgedeckt wird d.h. es muss irgendwie etwas vor diese Öffnung kommen. Spontan würde mir da nur eine Art Radkastenblende einfallen, die man nachträglich dort einbauen könnte. Sie müsste als Kunststoffteil den Radkasten nur etwas an dieser kritischen Stelle verbreitern, so dass aus dem Innern vom Radkasten nichts mehr direkt in diesen Übergang gelangen kann. Denke das bekommt man auch nachträglich noch hin, so dass es optisch was aussieht und auch von den Kosten her im Rahmen bleibt.
Soweit zur Theorie ........
Das Foto soll nur dazu dienen, was ich in ungefähr meine.