Meine Werkstatt hat das Problem mit viel Dämmungsmaterial gelöst. Auf der Beifahrertür war es auch der Zug der Türöffnung und auf der Fahrerseite eines der Kabel was im Kabeltunnel (sieht beim Ateca schon anders aus als beim Leon) geklappert hat. Alles nun "gedämmt". Sind eigentlich Pfennigartikel gibt es aber Serie erst ab Audi. 
Problem ist bei Seat schon bekannt. Ist nun alles total leise.
Desweiteren gibt es wohl öfters das Problem, dass die Verkleidung des Innenspiegels "Geräusche" macht (insbesondere bei Querfugen macht es richtig krach). Ich hätte geschworen, dass es etwas aus der Mittelkonsole kommt...war aber nur das Spiegelgehäuse. Wird wohl von Seat direkt getauscht und soll ab MJ2018 schon verbessert worden sein. Nur so als Info.
Wie bei allen Herstellern: Glück muss man mit der Werkstatt haben. Meister ist direkt mitgefahren und hat alle Geräuschquellen direkt gefunden.