Ich habe mein jetziges Fahrzeug (Leon Cupra SC) über einen Online-Vermittler geholt, das Angebot/Vertrag kam dann von einem deutschen Vertragshändler (bei mir aus NRW), war auch ein recht großer Laden mit mehreren Standorten. Ich hab damit auf jeden Fall gute Erfahrung gemacht.
Das mit dem geringeren Rabatt bei einer Finanzierung über die VW Bank kenn ich so auch, scheint üblich zu sein.
Worauf man achten sollte, teils sind das bei den Online-Vermittlern Tageszulassungen die dann bis zu 6 Monaten "auf einem, dem Autohaus zugehörigem, Unternehmen angemeldet bleiben müssen". Vielleicht gibt es daher nicht die Möglichkeit einer Werksabholung... ist aber nur Spekulation.