Hast du schon mal unter der Ablage im Kofferraum nachgesehen?
Bei meinen letzten Golf war der Wagenheber falsch eingelegt. Bei jeder größeren Bodenwelle hat der gegen das Bodenblech geschlagen.
Probefahrt: Mache den Kofferraum komplett leer, (Wagenheber Formteile alles was klappern kann) klappe die linke hintere Bank nach vorne und setze dich selber nach hinten. Auf den Beifahrerplatz. Dann kannst du das Geräusch besser lokalisieren.