Ich gehe mal stark davon aus, dass es beim FL nicht anders ist als beim VFL. Zwar bleibt die Anzeige nach dem Neustart auf Cupra, allerdings wird der Motor dennoch auf Comfort zurück gesetzt. Du brauchst nur mal den Neustart machen, dann auf Getriebe S ein Stück fahren. Das typische Blubbern (Missfire) ist verschwunden.
Einzige Lösung, die Einstellung zu behalten, ist meines Wissens eine Klappensteuerung mit Memory-Funktion. Bietet zudem den Vorteil, dass sich der Sound noch etwas verbessert, da diese beide Klappen permanent offen halten kann. Und Start Stopp lässt sich ohne Codierung dauerhaft deaktivieren.